あらすじから期待する方向性を求めると別の物が出てくると思います。伏線回収やサプライズを期待する人には十分楽しめるかと。
フローチャートは大分選択肢も多くあっさり目で終わることが多いので、伏線とか作品の設定に関わらず、丁寧なシナリオじゃないと読むのがつらいという人向きではないかも...
全く同じ文章を見せられる箇所がいくつかあるので、明らかに同じ説明が始まった…と感じたらスキップするとプレイしやすいです。特に違いがあってそれが伏線に…というのはないと思います。
グランドルートが始まってからは他のゲームと同じくらいには読める内容になっていると思います。
タイトルの意味が分かって2nd OPが始まる辺りが一番楽しめて、その後の展開も個人的にはすっきりしていていいお話なんじゃないかと思います。
もうちょっとミステリーの方も1作品として成り立っていたら低評価気味の方たちからも受け入れられたのではないでしょうか？